Standardno su ESET Smart Security i ESET NOD32 Antivirus postavljeni tako da maksimiziraju računalne performanse i sigurnosnu zaštitu. Međutim neke opcije nisu standardno uključene zbog utjecaja na trajanje skeniranja i moguće konflikte s postojećim softverom. Te opcije možete uključiti prateći slijedeće korake: 

1. Otvorite ESET Smart Security klikom na ikonu   u području obavješćivanja na traci zadataka Windowsa ili klikom na Start › All Programs › Eset › ESET Smart Security ili ESET NOD32 Antivirus.
2. Prebacite se na Napredni način rada  klikom na Uključi napredni način rada u donjem lijevom kutu glavnog prozora ili kombinacijom tipaka CTRL + M na tipkovnici.
3. Odaberite Podešavanje  iz glavnog izbornika, a zatim u desnom dijelu prozora kliknite na Ulaz u stablo naprednih postavki...
4. Pojavit će Vam se prozor Podešavanje. U lijevoj koloni unutar Antivirus i antispyware, kliknite na Skeniranje računala na zahtjev.
5. Budite sigurni da ste unutar Odabranog profila izabrali Dubinsko skeniranje. Kliknite na gumb pored Podešavanje sustava ThreatSense:.
6. Pojavit će vam se prozor Podešavanje sustava ThreatSense, iz lijeve kolone odaberite Objekti. Provjerite jesu li sve opcije uključene.
7. Kliknite na Mogućnosti u lijevom izborniku i opet provjerite jesu li sve opcije uključene.
8. Kliknite na Čišćenje u lijevom izborniku. U desnom dijelu prozora Razinu čišćenja podesite na Potpuno čišćenje pomicanjem klizača u desno (treba biti sasvim desno). Zatim kliknite na U redu.
9. Kliknite na gumb Podešavanje... pored Ciljevi skeniranja. Provjerite je li u padajućem izborniku Ciljevi skeniranja odabrano Prema postavkama profila. Označite kućicu pored My Computer i kliknite na U redu. Na taj način ste osigurali da svi diskovi kao i radna memorija budu skenirani.

S ovim postavkama ESET Smart Security će automatski pokušati očistiti zaražene datoteke. Ako to ne uspije, obrisat će ih. Također, zbog dubinskog skeniranja, vrijeme skeniranja se može produžiti.