Antivirusni sustav NOD32 radi na dva osnovna načina:
Prvi i uobičajeni način je upotreba "identifikacijske datoteke virusa". Taj način koriste svi antivirusni programi.
Drugi je način uporaba napredne heurističke tehnologije koja provjerava preostale karakteristike datoteka koje mogu ukazivati na moguću zarazu.